Провокуючими факторами можуть послужити переохолодження, прийом алкоголю, гострої чи солоної їжі. У молодих жінок цистити часто пов'язані з початком статевого життя. У жінок постклімактеричного віку цистити виникають на тлі атрофічних процесів, що розвиваються, викликаних гормональними змінами.

В основному цистит виникає внаслідок потрапляння до сечового міхура мікроорганізмів. У 80-95% випадків це кишкова паличка, яка мешкає в розташованій поблизу органів сечовиділення прямій кишці. Часто бактерія потрапляє в уретру при зневажанні правил гігієни та неправильному підмиванні.

Основним інфекційним збудником циститу є кишкова паличка (80% випадків). У 20% цистит викликають інші мікроорганізми, зокрема викликають статеві інфекції – уреаплазмоз, трихомоніаз, хламідіоз та інші.